Estructural mente pueden ser compuestos relativamente simples, como hidrocarburos, o más complejos que incluyen grupos funcionales que van desde alcoholes, aldeidos, acetonas, éteres, hasta aminas entre otros. Por ejemplo las feromonas de agregación de las cucarachas son hidrocarburos con 11 carbonos, undecanos, fórmula molecular CH3(CH2)9CH3
El estudio científico de las feromonas inicio en 1959 donde Adolf Butenandt quien describió la estructura química del Bombykol una feromona excretada por la mariposa del gusano de seda, Bombix mori para atraer a otros machos que no es mas que un alcohol insaturado con 16 carbonos.
Aunque aun se desconoce la configuración de muchas de las feromonas naturales, en un amplio trabajo que se ha hecho en las últimas décadas muestran la relación entre la actividad de las feromonas y su diversidad estereoquímica. Sin embargo, sigue siendo desconocido el mecanismo exacto de su reconocimiento en los sistemas biológicos (Mori, 2007).
La estereoespecificidad puede ser crucial para la bioactividad de las feromonas. Millar mostró que acetato de (E) -2-isopropil-5-metil-2,4-ciclohexadienilo es muy atractivo para el artrópodo macho Planococcus menor, pero el isómero (Z) antagoniza el efecto significativo de la feromona (Millar, 2008).
La bioactividad de las feromonas también puede depender de su quiralidad. La síntesis algunos de los enantiómeros y feromona quiral no racémica puede establecer configuración absoluta de la feromona de origen natural y aclarar las relaciones entre configuración y bioactividad. Por ejemplo, para el insecto o la sulcatus Gnathotrichus enantiómero (S) o el enantiómero (R) de Sulcatol son activa conductual, mientras que la mezcla de los dos es bioactivo (Figura 3a). En el caso de la mosca del olivo, la isómero (R) de Olean está activo para el varón, mientras que el isómero (S) está activo para la hembra (Mori, 1997).
